公司从工资中扣保证金是否合法？法律依据明确。《中华人民共和国劳动合同法》第九条规定：“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。”第八十四条规定：“用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。”因此，公司从工资中扣保证金属于“以其他名义收取财物”，违反法律强制性规定，属于违法行为。即便有合同约定，因违法也无效。劳动者有权拒绝扣款，还可向劳动监察部门举报或申请劳动仲裁，要求公司返还已扣款项并追责。
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公司从工资扣保证金可能面临法律风险，具体如下：
1. 诉讼时效风险：劳动争议仲裁时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起算。例如，员工离职后才发现公司非法扣保证金，但已超一年未主张权利，可能丧失胜诉权。
2. 经济损失风险：如公司非法收取5000元“入职保证金”，员工未及时维权，公司拒不退还，员工直接损失5000元及利息。此外，维权过程中产生的误工、交通等成本，也可能造成进一步损失。
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公司从工资扣保证金是否合法，需视具体情况而定：
1. 若公司以合同约定为由扣工资作保证金，属违法行为。依据《劳动合同法》第九条，用人单位不得以任何名义向劳动者收取财物，包括从工资中扣留部分作为保证金。
2. 若公司以防止员工随意离职为由收取押金性质的保证金，同样违法，劳动者有权要求返还。
3. 若公司未明确告知员工扣款用途且未征得员工同意，属于违法克扣工资。
4. 若公司离职时未及时退还保证金，可能构成拖欠工资或非法占有，员工可依法维权。
5. 若公司以“培训费”“服装费”等名义收费，需判断是否变相收保证金。若无真实培训或服务内容，仍属违法。
6. 若员工入职时签署协议，但协议内容违反法律强制性规定，该条款无效。
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处理公司从工资扣保证金的问题时，需注意以下特殊情况或例外情形：
1. 若公司以“培训费”“服装费”等名义收费，需具体分析是否变相收保证金。若公司确实提供培训或服装，且费用合理，则不违法；反之，若无实质内容或收费远高于合理范围，则仍违法。
2. 若员工自愿支付保证金（如因急于入职自愿签署协议并支付费用），维权难度较大，需结合合同条款、支付凭证、沟通记录等综合判断是否违法。
3. 若公司已退还保证金但未留书面记录，员工难以证明曾被收取，可能导致维权失败。因此，维权时应特别注意证据的收集与保存。

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